Biblia Políglota Complutense es el nombre que recibe la primera edición políglota de una Biblia completa. Concedida la licencia para impartir enseñanzas en el nuevo Colegio Mayor, pero no iniciadas todavía las clases, a partir de 1504 comienza a organizar Cisneros los trabajos para llevar a cabo una edición de la Biblia en sus lenguas originales. El resultado final, la Biblia Sacra Políglota Complutense, es considerada una de la obra más representativa del renacimiento español.

El nacimiento de la imprenta, en la década de 1450, se aprovechó enseguida para una mayor eficiencia en la publicación de la Biblia. Con grandes gastos personales, el cardenal Cisneros compró muchos manuscritos e invitó a los mejores teólogos de la época para trabajar sobre la ambiciosa tarea de compilar una enorme y completa Biblia políglota para «reavivar el decaído estudio de las Sagradas Escrituras». Los estudiosos se encontraron en Alcalá de Henares (en latín, Complutum), en la universidad fundada por Cisneros, la Complutense. Los trabajos comenzaron en 1502 bajo la dirección de Diego López de Zúñiga y se continuaron durante 15 años.

En ella participaron, entre otros, los conversos Alonso de Alcalá, Pablo Coronel y Alfonso Zamora, que se encargarían de la parte hebrea y aramea. La parte griega la trabajaron el cretense Demetrio Ducas y Hernán Núñez, el Pinciano. Antonio de Nebrija intervino especialmente en la corrección de la Vulgata, texto latino de San Jerónimo.

Se imprimió entre 1514 y 1517, pero no se distribuyó hasta 1520. Ante la impresión del último volumen Cisneros exclamó: «Aunque hasta el presente he llevado a cabo muchas empresas duras y difíciles por la nación, nada es más de mi agrado, por lo que debáis felicitarme con más efusión, que por esta edición de la Biblia».

El Nuevo Testamento se completó e imprimió en 1514, pero su publicación se retrasó mientras se trabajaba en el Antiguo Testamento, para que se pudiera publicar ambas partes juntas como una sola obra. Entretanto, rumores del trabajo de la Complutense llegaron hasta Desiderius Erasmus en Rotterdam, que produjo y editó su propia edición del Nuevo Testamento en griego.
Arnao Guillén de Brocar realizó uno de los alardes tipográficos más notables de toda la historia del arte de imprimir. Los tipos griegos fueron considerados por Proctor, a fines del siglo pasado, como los más bellos jamás creados, y los hebreos sirvieron de modelo a los de la Biblia Regia, segunda Políglota impresa por Plantino, en Amberes, entre 1569 y 1573.

Consta de seis tomos en folio. Los tomos I al IV corresponden al Antiguo Testamento y comprenden: texto hebreo, el Tárgum de Onkelos en versión de los Setenta (ambos con traducción latina interlineal) y la Vulgata. El tomo V contiene el Nuevo Testamento griego, en versión latina literal y la Vulgata. El tomo VI, es un apéndice con vocabulario hebreo y arameo, y una gramática hebrea.
Destaca la distribución del primer tomo; las páginas, en sus tres cuartas partes superiores, se dividen en tres columnas que contienen, a la izquierda el texto griego, con la interpretación latina interlineal, la central la Vulgata, y a la de la derecha la versión en hebreo. La parte inferior se divide en dos columnas; la izquierda para la traducción caldea y la derecha para la latina. Cada columna lleva sus epígrafes y, en el margen derecho, apostillas.

Cisneros pudo ver terminada esta obra, pero otros planes de ediciones de textos clásicos y teológicos se quedaron en proyectos porque su vida no dio margen para nuevas empresas de esta envergadura.

De las 600 copias publicadas, sólo se sabe de la supervivencia de 123.